HemiSpec

HemiSpec 是一个科研软件工具包，用于将预处理灰质图转换为双侧重建衍生半球指标：ANS（absolute neuroanatomical specificity，绝对神经解剖特异性）与 RNS（relative neuroanatomical specificity，相对神经解剖特异性）。

输入边界

HemiSpec 的 DGN 不能直接接收原始 T1 加权 MRI。每个 T1 图像必须先通过文档中的 FSL 预处理流程，转换为 MNI152 1.5 mm 空间的掩膜灰质图（*_GM_masked.nii.gz）。

输入与预处理 快速开始 安装

端到端工作流

T1 加权 MRI → FSL 灰质预处理 → MNI152 1.5 mm GM 输入 → 双向 DGN 重建 → ANS/RNS 图 → 可选 ROI 汇总与验证 → 下游分析。

阶段	输入	主要处理	输出
预处理	T1 加权 NIfTI	FSL 去颅骨、组织分割、MNI 仿射配准、GM 阈值与掩膜	*_GM_masked.nii.gz
重建	预处理 GM 图	左到右与右到左 DGN 推理	目标半球重建图
指标计算	实际 GM 与重建 GM	ANS/RNS 残差指标	ANS.L、ANS.R、RNS.L、RNS.R
可选汇总	体素图 + 兼容 atlas	ROI 聚合	ROI 长表与宽表
可选验证	图或 ROI 特征	半球分类和/或 TRT 分析	验证表格与图

原始方法与 HemiSpec 扩展的边界

跨半球 DGN 框架以及 ANS/RNS 定义源自 Wang 等人（2024）。HemiSpec 在该方法基础上提供可安装的 API/CLI/GUI、模型资产发现、双侧图导出、ROI 汇总、验证工具、文档与发布流程。

• 使用原始方法与指标时：引用 Wang 等人（2024）。
• 使用 HemiSpec 软件或下游研究时：在对应公共软件/论文记录发布后另行引用。

完整文献与引用边界见引用。

选择使用路径

• 准备真实 MRI 输入

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  从 T1 加权 NIfTI 开始，运行打包的 FSL 脚本，并检查 DGN 输入网格和质量控制项目。

  输入与预处理

• 运行 HemiSpec

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  通过 GitHub Release wheel 或源码检出安装，检查模型就绪状态，并运行 GUI 或双向 CLI 工作流。

  快速开始

• 理解方法

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  查看重建框架、原始 ANS/RNS 定义以及 HemiSpec 的数值实现说明。

  方法

• 模型与 atlas 资产

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  了解 DGN 检查点、分类器包和可选 ROI atlas 的定位与分发方式。

  数据与模型

当前软件范围

HemiSpec v0.1.0 为公开测试版，目前通过 GitHub Release 和源码仓库分发；PyPI 项目尚未公开。GUI 和 CLI 生成体素级 ANS/RNS 图；ROI 表、半球分类器验证和 TRT 验证目前仍是可选下游步骤。

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源码：github.com/mqqq333/HemiSpec。文档基于 Material for MkDocs 构建。