计算特异性图¶

ANS/RNS 的定义见ANS 与 RNS 指标，其方法源自 Wang 等人（2024）。

本教程介绍重建后的 ANS/RNS 计算。

安装¶

使用当前源码检出。克隆前启用 Git LFS，使该检出也可用于模型驱动工作流：

git lfs install
git clone https://github.com/mqqq333/HemiSpec.git
cd HemiSpec
git lfs pull
python -m pip install -e "."
git rev-parse HEAD

请将输出的 commit 哈希与分析记录一同保存。旧版本仍可从 GitHub Releases 页面获取，但本教程面向当前 main。

如需完整的包内冒烟测试，可运行 hemispec quickstart --out-dir hemispec_quickstart_run_001；它会生成玩具配对输入并执行本页的计算路径。每次运行应使用新的输出目录。

所需配对输入¶

每个受试者需要一张实际目标灰质图和一张相同形状、仿射变换和方向的重建对应物。

当前命令¶

hemispec compute \
  --actual-glob "derivatives/*_GM_masked.nii.gz" \
  --predicted-glob "outputs/recon/*_PRED_LR_full.nii.gz" \
  --out-dir outputs/specificity_run_001 \
  --save-subject-maps

这会写入组级 ANS/RNS 图，使用 --save-subject-maps 时还会写入受试者级图，用于验证和 ROI 提取。

ROI 导出¶

ROI 特征导出可通过 compute 选项实现。请提供位于指标图网格上的经批准本地 atlas，详见数据与模型。将示例路径替换为实际 atlas 路径：

hemispec compute \
  --actual-glob "derivatives/*_GM_masked.nii.gz" \
  --predicted-glob "outputs/recon/*_PRED_LR_full.nii.gz" \
  --out-dir outputs/specificity_roi_run_001 \
  --roi-atlas /approved/path/atlas.nii.gz \
  --roi-out-csv outputs/specificity_roi_run_001/roi_features.csv

目前还没有独立的 roi 命令。

输出¶

受试者级 ANS 图。
受试者级 RNS 图。
可选 ROI 级特征表。
启用时的组级体素汇总。

计算前检查¶

compute 会检查配对文件之间的形状和 affine 是否一致，并将非有限值体素排除在有效掩膜之外。这些检查不能证明标准 MNI 对齐、正确的半球标识或解剖质量。计算前仍应按输入与预处理核验体素大小、方向、完整模板 affine、配准、分割和掩膜质量。