计算特异性图¶

本教程介绍重建后的 ANS/RNS 计算。

安装¶

普通使用时，从 PyPI 安装已发布包：

python -m pip install hemispec-toolkit

源码开发时，可在本地检出目录中使用 python -m pip install -e .。

如需完整的包内冒烟测试，可运行 hemispec quickstart --out-dir hemispec_quickstart；它会生成玩具配对输入并执行本页的计算路径。

所需配对输入¶

每个受试者需要一张实际目标灰质图和一张相同形状、仿射变换和方向的重建对应物。

当前命令¶

hemispec compute \
  --actual-glob "derivatives/*_GM_masked.nii.gz" \
  --predicted-glob "outputs/recon/*_PRED_LR_full.nii.gz" \
  --out-dir outputs/specificity \
  --save-subject-maps

这会写入组级 ANS/RNS 图，使用 --save-subject-maps 时还会写入受试者级图，用于验证和 ROI 提取。

ROI 导出¶

ROI 特征导出可通过 compute 选项实现。在添加公开 HemiSpec atlas 资产或记录外部 atlas 安装之前，atlas 路径为占位符：

hemispec compute \
  --actual-glob "derivatives/*_GM_masked.nii.gz" \
  --predicted-glob "outputs/recon/*_PRED_LR_full.nii.gz" \
  --out-dir outputs/specificity \
  --roi-atlas <atlas路径> \
  --roi-out-csv outputs/roi_features.csv

目前还没有独立的 roi 命令。

输出¶

受试者级 ANS 图。
受试者级 RNS 图。
可选 ROI 级特征表。
启用时的组级体素汇总。

计算前检查¶

HemiSpec 在写入输出之前应验证形状、仿射变换、有限值、半球标签和有效掩膜。