引用¶

HemiSpec 将原始科学方法、预处理软件与 HemiSpec 软件/下游研究的引用分开说明。

原始跨半球 DGN 与 ANS/RNS 框架¶

使用或描述跨半球 DGN 重建方法、ANS 或 RNS 时，应引用：

Wang, G., Jiang, N., Ma, Y., Suo, D., Liu, T., Funahashi, S., & Yan, T. (2024). Using a deep generation network reveals neuroanatomical specificity in hemispheres. Patterns, 5(4), 100930. https://doi.org/10.1016/j.patter.2024.100930

HemiSpec 在公开文档中统一使用以下术语：

ANS：absolute neuroanatomical specificity（绝对神经解剖特异性）。
RNS：relative neuroanatomical specificity（相对神经解剖特异性）。

HemiSpec 文档沿用原论文的名称与缩写。

FSL 预处理¶

研究使用的 process_single_subject.sh 以及包内的重定向增强变体均使用 FSL、BET、FAST 和 FLIRT。方法部分应引用实际支持预处理的工具：

Jenkinson, M., Beckmann, C. F., Behrens, T. E. J., Woolrich, M. W., & Smith, S. M. (2012). FSL. NeuroImage, 62(2), 782–790. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2011.09.015

Smith, S. M. (2002). Fast robust automated brain extraction. Human Brain Mapping, 17(3), 143–155. https://doi.org/10.1002/hbm.10062

Zhang, Y., Brady, M., & Smith, S. (2001). Segmentation of brain MR images through a hidden Markov random field model and the expectation-maximization algorithm. IEEE Transactions on Medical Imaging, 20(1), 45–57. https://doi.org/10.1109/42.906424

Jenkinson, M., & Smith, S. (2001). A global optimisation method for robust affine registration of brain images. Medical Image Analysis, 5(2), 143–156. https://doi.org/10.1016/S1361-8415(01)00036-6

HemiSpec 软件引用¶

使用软件时，应在公共 HemiSpec 发布/归档记录可用后引用对应记录，并在方法部分保留软件版本。在归档 DOI 尚未注册前，可使用仓库 CITATION.cff、发布标签与访问日期。

不能用软件引用替代 Wang 等人的方法论文：原始科学方法与软件实现是两类独立贡献，应分别致谢和引用。

HemiSpec 下游论文¶

“稿件准备中”不是稳定的公共文献。只有在预印本、期刊论文或归档记录公开后，才应将 HemiSpec 下游论文作为正式引用。在此之前，应描述“使用 HemiSpec 完成分析”，并报告准确的软件版本或 commit。

建议的方法描述¶

T1 加权图像通过基于 FSL 的流程（BET、FAST 和 FLIRT）转换为 MNI152 1.5 mm 灰质概率图，并使用 GM 概率阈值 0.15 进行掩膜后输入 HemiSpec。跨半球重建以及 ANS/RNS 计算遵循 Wang 等人（2024）提出的框架。为保证可复现性，记录软件版本、模型包、阈值和可选验证设置。